SMA Antonius didirikan pada 9 Agustus 1988 atas inisiatif Pastor HJ. Sondermeijer, SCJ, untuk menampung lulusan SMP Antonius. Sekolah ini berlokasi di Jl. DI. Panjaitan, Jakarta Timur, dengan gedung berlantai empat yang mulai digunakan sejak tahun ajaran 1987/1988. Seiring waktu, SMA Antonius terus berkembang dan sejak 1995/1996 memperoleh status “disamakan”, hingga mencapai akreditasi A pada tahun ajaran 2024/2025.

Pada tahun 2002, pengelolaan yayasan dialihkan kepada Kongregasi SCJ. Dalam menghadapi persaingan pendidikan, dilakukan berbagai peningkatan kualitas sarana, prasarana, dan kompetensi guru. Pada tahun 2014, Yayasan Santo Antonius resmi berubah menjadi Yayasan Pendidikan Katolik Leo Dehon (YPKLD), dan SMA Antonius menjadi bagian dari yayasan tersebut.