SMA Santo Antonius turut melaksanakan skrining kesehatan sebagai upaya pemantauan kondisi kesehatan siswa secara menyeluruh. Pemeriksaan yang dilakukan meliputi pengukuran fisik seperti tinggi badan, berat badan, indeks massa tubuh, dan tekanan darah, dilanjutkan dengan pemeriksaan umum yang mencakup kesehatan mata, telinga, gigi, serta kondisi tubuh secara keseluruhan. Selain itu, dilakukan pula tes tambahan, salah satunya adalah pemeriksaan urine untuk mendeteksi adanya gangguan kesehatan tertentu, Tidak hanya itu, kegiatan ini juga mencakup skrining kesehatan mental dan reproduksi, khususnya bagi siswi perempuan, sebagai langkah preventif sekaligus edukatif untuk mendukung tumbuh kembang remaja yang sehat baik secara fisik maupun psikis.